Terwujudnya MTs Al-Fajar Pekanbaru yang unggul, inovantif, kreatif, berwawasan IPTEK berlandaskan IMTAQ di Riau

• Menyelenggarakan proses belajar mengajar secara efektif

• Meningkatkan semangat kompetetif belajar siswa

• Meningkatkan pengetahuan dan kemampuan tenaga pendidikan

• Mengembangkan kualitas di bidang intra dan ekstrakurikuler

• Meningkatkan bimbingan keagamaan secara efektif.

• Menyediakan sarana dan prasarana pembelajaran yang representatif

• Menerapkan management partisifasi dengan melibatkan seluruh Madrasah yang berkepentingan yang terkait dengan Madrasah

• Menanamkan perilaku islami dan bertindak